Nagakura đổi tên thành Sugimura Yoshie trong thời đại Minh Trị khi ông được gia đình vợ nhận làm con nuôi. Nhà Sugimura là bác sĩ phục vụ cho daimyo Matsumae.

Sau đó, Nagakura tổ chức những buổi cầu siêu cho linh hồn những người đồng đội quá cố. Bốn năm trước khi qua đời, ông kể lại lai lịch của Shinsengumi cho phóng viên của một tờ báo. Người ta tin rằng, vì những lời này được ghi lại nửa thế kỷ sau các sự kiện xảy ra, sự miêu tả này chỉ để thỏa mãn đám đông hơn là cứ liệu chính xác.

Tuy vậy, Nagakura đã viết hồi ký về quãng đời đẫm máu ở Shinsengumi. Những tập hồi ký này bị thất lạc hàng thập kỷ trước khi được tìm thấy và xuất bản thành sách năm 1998.